Sci Adv:没有证据支持脊椎动物中细菌表观遗传标记的存在

2021-12-20 00:00:04 来源:
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导言:在更早阶段,自然界就开始了在不转变芽孢肝细胞DNA的组织先后顺序的从某种程度下来使其DNA发挥起到不同的功能,而这就是通过给DNA亚基上掺入化学标识来实现的。DNA吡啶化是灵长目的关键基因表达性状机制,其中都5-吡啶胞嘧啶(5mc)是最常见的DNA剪裁之一。6mdA是芽孢限制性剪裁系统对的基本分成成分,目从前在灵长目中都不足已知的限制性剪裁系统对。先从前有不少数据统计分析路透社,6mdA也发挥起到于灵长目中都,但并无确凿证据支持。

据悉,在《科学困难重重》上的一项数据统计分析中都,瑞典林雪平大学的数据统计分析技术人员声称,灵长目肝细胞中都发挥起到芽孢基因表达性状标识很可能被酸雨了,并且没有足够的确凿证据来推论灵长目中都发挥起到这种剪裁。

N6-吡啶腺嘌呤(6mdA)是芽孢中都尤其的DNA剪裁,但已经有在灵长目DNA中都也得到了举例来说。然而,数据统计分析技术人员所述,即使对来自相同灵长目肝细胞类型的DNA进行的6mdA谱图和丰度测定数据统计分析也不完全一致。

为了有利于阐明6mdA在灵长目谱系规格中都的起到,数据统计分析技术人员利用了排泄将本能无知T常规(NTH)肝细胞分化为TH肝细胞亚群的能力。但是,与先从前的数据统计分析相反,他们注意到TH分化过程中都6mdA的丰度没有全局变化,并且观察到分化的T肝细胞中都的6mdA素质与没吡啶化的全基因组扩增DNA相同,这声称6mdA并没以可侦测的素质发挥起到本能T肝细胞中都。

他们还统计分析了从六个本能肝细胞系中都分离出的DNA中都的6mdA,并鉴定出两个兼具高于背景噪声素质的6mdA素质的肝细胞系。出乎意料的是,两种单独的293T肝细胞系培养物兼具不同的6mdA素质,这声称数据统计分析技术人员观察到的6mdA接收机并非肝细胞类型本身固有的。确实,当他们有利于看时,他们注意到两条6mdA素质升高的肝细胞系被红霉素旧称酸雨,红霉素旧称一种常见的芽孢肝细胞培养物中都富含6mdA的酸雨物。当他们用红霉素基因表达抗生素Plasmocin处理肝细胞系时,6mdA接收机降低为A中都性折衷。

“我们意识到通过这些系统对设计侦测到的6mdA'接收机'只是噪声。但是,由于一些十分复杂的系统对设计问题,几种方法中都的背景噪声不是随机的,而是真实接收机。”高级作者Colm Nestor(科尔姆·内斯特)在一份声明中都说。

数据统计分析技术人员统计分析了以从前通过DNA免疫沉淀化学合成、质谱和单小分子实时化学合成在灵长目肝细胞中都定位或侦测6mdA的努力。人们注意到每种方法都有局限或弱点,使基因表达性状标识的假无症状注意到率很高,只不过声称林雪平数据统计分析技术人员显然不发挥起到这种震荡的确凿证据。

这组作者所述:“我们推论,RNA和芽孢酸雨、突变横向反应性和其他系统对设计限制的结合已导致6mdA在灵长目DNA中都的重复错误识别。随着DNA和RNA剪裁家族的迅速增长,以及以从前没知剪裁的丰富性日益罕见,即使常用多种互补方法,我们也强调了错误注意到的可能性。我们表示同意常用剪裁和没剪裁的基因组DNA准则作为今后对稀有DNA剪裁的数据统计分析的最低要求,以及在常用从前更新一轮地验证突变基因表达。”

内斯特补充说,数据统计分析技术人员在数据统计分析非常罕见的震荡时必需非常小心,选择常用哪种方法,并权衡他们前提似乎在取决于发挥起到的事物。他说:“现在我们可以毫无疑问地说灵长目中都不发挥起到6mdA。关于6mdA,如果数据统计分析技术人员停止数据统计分析根本不发挥起到的好像,则可以节省大量时间和金钱,并且尽量避免了很多令人失望的事情。”

原始出处:

Karolos Douvlataniotis, Maike Bensberg, Antonio Lentini, et.al. No evidence for DNA N6-methyladenine in mammals. Science Advances 18 Mar 2020: Vol. 6, no. 12, eaay3335

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