Mol Cell：蛋白质省略图谱的发现

从古细菌到真核细胞可能会脊椎动质，酵素开头依然可以调控脊椎动质体细胞可能会免疫学活动的各个总体。20世纪中后期，通过质理本土化学降解研究者酵素的仅有是由，闻到了阳硫离子酵素开头的最中后期结论。这些闻到过关斩将了当今的并不一定。20世纪后半叶，基于表格层五音的酵素小组学的出新现和不断被引入，使得在在的酵素开头的为数出新现了爆炸官能的持续增长，如今已推算出新500多个线性开头。如今，采样自然科学、数据挖掘和智能课题的原先推算工有着望让研究者其他部门在闻到取而代之酵素开头和已确定其功能官能总体夺得重大令人满意。

中文翻译后开头(PTM)是酵素一级在结构上的阳硫离子质理本土化学开头。这些开头最时常愈演愈烈在酵素的侧链或N末上端，从而偏离其基本质理本土化学仅有是由。酵素开头造成了的质理本土化学仅有是由多样官能技术合作开发水平远远很高于直接时常用基准所能达到的技术合作开发水平（示意图1）。PTMs也是一个该系统的，这使酵素质理本土化学和功能官能的维度和时间段高度集中成毕竟。

酵素开头对酵素功能官能转本土化成了最时常且深远的冲击。一些开头有着倾斜度独有官能、倾斜度特异官能或很高效官能，而其他开头的生理负面影响已为不清楚或从未有才被闻到。事实上，随着取而代之酵素开头被闻到，酵素开头的为数一直减低。愈发多的酵素开头使这种调控该系统愈发比较有用。在这篇综述中可能会，所作首先彻底改变了关化学键性PTM的历史闻到；接下来，所作时常用采样自然科学中可能会的来进行来该系统地该系统性阳硫离子酵素开头的前世击中注定；仍要，所作展望并未来并分析取而代之采样自然科学和数据挖掘(ML)来进行将在该课题发挥作用的起到。

示意图1 时常用基准Corey-Pauling-Koltun著色协议描绘的20种酵素在结构上：灰色：硅；红色：氧；金色：硫；黄色：硫；细线：单化学键；粗线：羰基；硫被开头。

酵素开头的首次闻到

在20世纪，自然质理学界对总括酵素的仅有是由特别不感兴趣。自然研究团队们主要时常用酸降解等质理本土化学方法有，来已确定单个的质理本土化学仅有是由以及酵素中可能会的轻金属元素。在预估的硅、硫和氧中可能会，一些酵素成份异时常很高技术合作开发水平的锰。通过刻苦的该系统性质理本土化学，Levene和Alsberg再度闻到酵素受精卵细胞可能会内/受精卵酸中可能会的天冬氨酸上不存在甲状腺激素（示意图2）。

鉴于20种当今中可能会的一些已为并未实际上总括，20世纪闻到的甲状腺激素尤其在在。苯丙氨酸和苏氨酸分别在1922年和1935年才被实际上总括。早先，甲状腺激素天冬氨酸被视作一种取而代之，而不是一种开头。因为早先的研究者不能已确定锰芳基的所在位置，是不存在于天冬氨酸的侧链还是其他所在位置。1932年，惠特尼Levene实验室研究者员弗里茨·利普曼(Fritz Lipmann)的研究者说明，苯甲酸碳原子核与天冬氨酸相邻。Lipmann首先证明线性开头的特异官能，为并未来适配在在PTMs区域的研究者铺平了路段。

在随后的20年里，原先PTMs的闻到依然没令人满意（示意图2）：1951年已确定的羟乙酰胺的在结构上和仅有是由，是30之前报告的一种有效成分中可能会“不明容氧核糖核酸”填充质。原先型PTMs的闻到和总括令人满意缓慢且技术合作开发难度大。因为PTMs通时常在质理本土化学计量单位上极少闻，金属元素与酵素雷同且不平稳，所以金属元素该系统性和吸收光五音(NMR)光五音不适合该系统性大多数PTMs。早先，一个该系统PTM的表达方式还没得到很好的转型，所以一直不存在一种论调，将苯甲酸天冬氨酸当作一种独有的，而不是当今天冬氨酸的一个该系统开头。

直到20世纪50六十年代中可能会期，酵素PTM才成自然科学文献中可能会的一个独有表达方式。1956年出新现一个关化学键性：Dixon等人闻到阳硫离子芳基天冬氨酸开头是一个该系统的。之后，研究者其他部门判读到天冬氨酸甲状腺激素也有着在在的驱动力。这些闻到为“很高能化学键”的想要给予了赞同，即一种可以在分崩离析时释放能量的想要，所作如今发觉这是一种茎叶表达方式，可以说明细胞可能会原先陈激素的许多总体，有着奠基仪式意味。

1970六十年代出新现了PTM闻到的爆炸式持续增长，到1980年，如今在在的PTM中可能会约有40%已被闻到（示意图2）。早先，开头被视作一种减低生命所需质理本土化学多样官能的策略，而不是酵素调控的关化学键性前提。尽管如此，在PTM闻到的早先几十年中可能会，闻到许多PTM之后被极为认为是酵素功能官能调控的意味著仅有是由之外。

示意图2 酵素开头的时间段遗传质质闻到每年在在的酵素开头的累积为数

有关推算方法有和code，请详述

开头的恰当提出新、概述及转型

自然质理学界一直争论PTMs是对时总括的开头，还是组合成取而代之毫无疑问的非必需。直到1977年，出新现一篇关于酵素PTMs原先兴课题纽约时报，该开创官能纽约时报时常用“只有20种遗传质质编码方式也，却被解剖出新140多种”的单字。该篇对的质理本土化学多样官能来进行综合收集的20世纪试着，通过查到文献、咨询同事以及涵义的小数，推算了140种有所不同的开头小组制备。乙酰胺有着一共的线性开头，而多肽、异多肽和色氨酸仅有没开头。一些开头被出发点为有“相当明显的说明”，以外乙酰胺被阳硫离子开头到相异酵素活官能碱基的酵素衍脊椎动质。其他例如N-α-产质毕竟多底质和卤本土化开头，在早先并没在在的功能官能。尽管该目录以外许多直到如今不被视作PTMs的质表格层（例如tRNA），但它代表格者了将PTMs精已确并不一定为一个类别的年末试着之一。

在1970六十年代后期，PTMs的表达方式涵括了比直到如今解读的区域非时常广的酵素开头。例如，信号氨基酸的N上端去除被极为认为与酵素甲状腺激素一样的PTM效应。直到1981年，二硫化学键的组合成才被视作一种在在PTM的裂解流程，毕竟由细胞可能会中可能会的并未知质表格层裂解。然而，被极为认为参加酵素裂解前提的瞬时谷胱甘氨基酸开头不被极为认为是PTMs。该课题悄悄闻到并分类法以努力消除这些原先修订的并不一定。

表格层五音酵素小组学与开头

尽管如今在在的PTMs中可能会依然有一半在1980之前已被闻到（示意图2），但酵素表格层五音(MS)的出新现西进了该课题的短时间段令人满意。早先，MS主要使用有机质理本土化学，制备解剖和终产质监测，以及天然本土化合质解剖。但随着对酵素质理本土化学解读的的转型，酵素的该系统性和开头为MS的闻到认真好了将要。很高压电喷雾很高压电离(ESI)的转型彻底偏离了MS酵素小组学课题。该技术合作开发由Malcom Dole于1968年首创，可“温和地”很高压电离大分子以供MS该系统性。2002年诺贝尔质理本土化学奖获者John Fenn和Koichi Tanaka对ESI-MS的大幅度合作开发使PTM可以被灵活监测，代表格者了MS技术合作开发在酵素免疫学中可能会的首次技术的发展之一。

然而，这种在PTM研究者中可能会的不断入侵主导地位的原先技术合作开发早先极为能非时常大非时常很高原先PTM的闻到赴援。这是因为大多数基于MS的PTM辨认协议所需在探针该系统性早先对PTM来进行富含，而这反过来又所需认识悄悄富含的开头。此外，执行MS采样所需选择与不感兴趣的特定PTM相对来说应的能够低表格层量。总括技术合作开发要求，妨碍了对并未总括PTM的短时间段监测。实际上，MS转本土化成的大之外信号仍并未算子到在在的氨基酸或氨基酸-PTM复合质，近年来已将其标识为“暗酵素小组”。

但到1990六十年代，ESI-MS已解剖出新许多取而代之PTM（示意图2）。增益总体的技术合作开发的转型使基于MS的研究者很难该系统性相对来说PTM技术合作开发水平和意味著质理本土化学计量单位。随着在在PTM的目录停滞不前减低，这一原先闻到的投票表格决也详述了许多PTM在调控酵素活官能中可能会的起到。

酵素开头的功能官能研究者令人满意

酵素开头以各种可以显然的方式也冲击酵素：激活、诱发、走法、副产质等。因此，概述PTM的免疫学起到的流程比辨认解剖它们非时常不便。对PTMs的20世纪研究者只而无须对所概述的开头来进行毕竟的免疫学意味断定，并且在许多情况下根本没试着调配功能官能。到1970六十年代，极少有PTM有着任何恰当详细描述的免疫学起到。但酵素甲状腺激素和产质是非时常大的基本上，它们有着关化学键性性的功能官能，并为全人类解读保健和疾小儿给予了关化学键性性线索。

最中后期已确定甲状腺激素和产质细胞可能会功能官能的研究者发表格于20世纪中可能会叶的十年之内。这两种开头的研究者所需一个平稳有效赴援的研究者该系统、一种有效赴援的PTM研究者方法有及可测的结果。Sutherland、Fischer和Krebs早先闻到了甲状腺激素在苯甲酸酵素a和b相互间转本土化中可能会的起到， Allfrey、Faulkner和Mirsky研究者乙酰胺/乙酰产质。Sutherland和Wosilait从肝小民间组织采样中可能会富含甲状腺激素酵素并测放射官能乙硫，得出新推论极为认为甲状腺激素酵素可以“获”放射官能乙硫，从而焦虑酵素活官能，并且是一个该系统的。他们判读到甲状腺激素受到民间组织胺的焦虑，并受到来自肝细胞可能会的不明“失活酵素”的诱发。为了研究者20世纪小组细胞可能会内开头，Allfrey等人对小牛胸腺细胞可能会核来进行了该系统性，该系统性了总小组细胞可能会内14C-乙硫和14C-苯丙氨酸的获取，也可以时常用羧甲基薄膜素样品法从中可能会分离出来出新富含乙酰胺/乙酰的小组细胞可能会内。他们说明，这些富含乙酰/乙酰胺的小组细胞可能会内可以在不依赖酵素制备的情况下不断产质，并且产质小组细胞可能会内以剂量依赖官能方式也诱发RNA制备。此时，该课题开始瞥闻PTM在酵素可不和非酵素可不细胞可能会内活官能、激素调控、肝细胞凝聚态以及它们如何整合神经科学中可能会必不必少的手脚肾脏信号中可能会的比较有用和关化学键性性起到。

随着MS成辨认和相对于酵素开头的主力，酵素小组区域内甲状腺激素和乙酰胺产质的碱基从未被确认。已确定这两个关化学键性性PTM的明晰示意图五音是已确定酵素小组中可能会酵素开头的功能官能负面影响的关化学键性先决条件。遗传质质工程的的转型、酵素开头酵素的闻到和总括以及比较有用的推算方法有已成已确定PTM功能官能的主流来进行，并为非时常好地认识PTM在全人类保健和疾小儿中可能会的起到铺平了路段。

全面性PTM转型不断，如今从未闻到全人类酵素小组都有至少119,000个甲状腺激素碱基。对tau细胞可能会内的研究者是关于甲状腺激素如何偏离酵素功能官能和冲击保健的一个相较较事例。这些疾小儿泛称之为tauopathies疾小儿，其中可能会研究者一共的是阿尔茨海默小儿，PTM密集可能会于这种与神经元和神经囊状细胞可能会骨架之外的内在紊乱的复合质相辅相成细胞可能会内。tau在细胞可能会内的获取，早在20世纪就从未概述过，是一种共同的小儿理特点。这些聚集体中可能会所含tau和其他酵素的20世纪名副其实特点之一是倾斜度甲状腺激素，这先于神经原薄膜缠在结构上成和心理战斗能力下降。此外，tau的开头与26S细胞可能会内酵素体亚基和神经原薄膜不之外的中可能会的中文翻译后开头酵素两兄弟获取，因此说明细胞可能会不能副产质tau是某些神经退行官能疾小儿中可能会愈演愈烈的神经毒官能的关化学键性。阿尔茨海默小儿小鼠模型是通过对淀粉样前体细胞可能会内来进行遗传质质开头而合作开发的，已被使用深入研究者体液内源官能和疾小儿之外的tau开头，这种开头可以造成了致小儿官能淀粉样细胞可能会内Aβ1-42的获取。这造成了在在的tau开头扩大了三分之一。辨认这些开头借以该系统研究者特定PTM如何冲击tau功能官能、副产质和聚集，并为针对tau激酵素诱发的临床铺平了路段。此外，由于tau可以用无数PTM开头35%以上的亚基，这些开头以外小的质理本土化学碳原子核（甲状腺激素、产质、底质）、酵素（脯氨酸本土化、SUMOylation）和硅水本土化合质（O-GlcNAcylation、N -酪氨酸、酪氨酸），研究者tau开头的多样官能概述了PTM对酵素冲击的基本比较有用官能，例如多重开头的协同和拮抗效应。

小组细胞可能会内是可开头的，并且可以偏离肝细胞凝聚态，这一闻到可不进了肝癌免疫学课题的的转型。最时常的表格观遗传质质开头依然可以调控肝癌的所有特点。美国食品和药质管理局(FDA)从未批准针对差责小组细胞可能会内乙酰胺容产质的本土化疗药质。对小组细胞可能会内开头功能官能冲击的研究者，为探寻其细胞可能会起到前提给予了为基础。例如，细胞可能会周期诱发酵素p21的强调所需小组细胞可能会内H3和H4的过度产质，并且这种酵素开头在有着很高技术合作开发水平HDAC强调的肝细胞可能会中可能会被关化学键时刻。用HDAC抑有效成分辛二酰胺异羟肟酸（SAHA；伏立诺他）外科手术一个该系统转H3/4乙酰胺产质的夺去，减缓Myc原体占据并减低p21强调，从而减缓肝细胞可能会细胞分崩离析。自2006年以来，伏立诺他（以及其他HDAC抑有效成分）已被FDA批准为表皮T细胞可能会淋巴瘤的抗衰老剂，非时常多HDAC抑有效成分悄悄针对各种肝癌多样的临床中可能会来进行分析。

除了HDAC活官能外，乙酰胺乙酰胺参量也受乙酰胺乙酰胺再调配酵素(KAT)的调控，如今悄悄积极研究者这些酵素抑有效成分的抗衰老起到。乙酰胺产质和乙酰胺去产质都可以作为肝癌外科手术的能够，这说明PTM在细胞可能会中可能会的功能官能是比较有用的。事实上，基于酵素小组MS研究者说明，乙酰胺产质与最时常的细胞可能会流程有关，以外DNA损伤修补、细胞可能会循环、蛋白质功能官能和肌动细胞可能会内细胞可能会骨架重塑等。

因为PTM对细胞可能会行为转本土化成多种冲击，因此酵素开头可以可不进全人类疾小儿的转型和令人满意也就早先了。疾小儿之外PTM或酵素开头酵素的研究者为原先疗法认真出新了开创性，并给予了对PTM的基本免疫学闻解；然而，所作对PTM在全人类疾小儿中可能会的起到的解读是不明晰的。

PTM研究者示意反面

自1977年试着绘制PTM蓝示意图以来的40多年时间段里，酵素开头毫无疑问爆炸式研究者减低了所作对PTM的独有官能和比较有用官能的认识（示意图2）。因此，所作着手非时常原先所作的解读，并该系统地该系统性线性酵素开头的为数和官能表格层。所作时常用采样自然科学的原先来进行转发了UniProt库，该采样库该系统都有至少6000万个酵素遗传质质和之外评注，其中可能会以外中文翻译后酵素开头的“受控名字表格”。通过该系统性所有酵素开头，所作如今推算了500多个线性开头（示意图3A）。尽管此该系统性中可能会代表格者了所有20种，但天冬氨酸、谷胱甘氨基酸和乙酰胺在评注开头中可能会都有的多样官能最小。在在的是，这个不断持续增长的酵素开头沙罗格的区域从低表格层量的急遽不长（近900Da）到低表格层量的差不长，与质理本土化学损失相吻合（示意图3B）。下面，所作重点详述一些最类似和最不类似的开头。

示意图3 酵素开头的现况

A，在所有20种酵素中可能会从未概述了大约500种酵素开头；粉红色代表格者最长时间开头的“关化学键性”；该系统性中可能会不都有酵素降解。采样取自采样库该系统。推算方法有和code闻 。B，附加到酵素上的大量开头的分布区。线代表格者低表格层量的基频，缩放到1；rug-plotHash代表格者母体低表格层量。该系统性中可能会不都有酵素降解。推算方法有和code同上。

天冬氨酸

尽管最时常研究者天冬氨酸甲状腺激素开头，但天冬氨酸也不存在大量其他开头。所作该系统性并粗略估计了70个线性开头（示意图3A），其中可能会闻到了13个天冬氨酸开头成份乙硫：1个是直接的乙硫，12个是同时成份硅和乙硫的开头。此外，在天冬氨酸上不存在一系列比较有用的硅水本土化合质开头。例如，天冬氨酸成份Ｂ-连接的、半乳糖、氨基和其他比较有用的分支硅水本土化合质。事实上，鉴于这些质理本土化学之外的质理本土化学多样官能和独有它们的最时常激素质区域，通时常才可能会报告这些质理本土化学之外的低表格层量。因此，该该系统性毕竟低估了基于天冬氨酸的酵素开头的普通人为数。鉴于质理本土化学官能表格层雷同，苏氨酸和酪氨酸与天冬氨酸相差不远，分别占据在在开头多达的前十名沙罗格中可能会的第4位和第6位，在已辨认的开头中可能会有相当大的重叠（示意图3A）。

谷胱甘氨基酸

谷胱甘氨基酸的富很高压射频苯基矿是在中可能会闻到的最有力的亲和碳原子核，使其很难来进行多种质理本土化学开头。研究者一共的谷胱甘氨基酸开头以外S-甲酸本土化、S-谷胱甘氨基酸本土化、S-雪松酰胺本土化和S-法尼基本土化。所作推算出新谷胱甘氨基酸有57种有所不同的开头（示意图3A），区域从氟本土化浓缩损失和减低到长的疏水官能脂表格层开头。700多种质子本土化官能谷胱甘氨基酸已被时常用质理本土化学免疫学策略性和亲很高压射频探针相对于到有着在在药质靶标的酵素上，以及“不必成药”的酵素上，以外酪氨酸系数、接头/前端细胞可能会内和并未总括的酵素。这些闻到赞同谷胱甘氨基酸可以很容易地成针对内源官能脊椎动质开头靶标，以外该碱基及邻近碱基的开头。

乙酰胺

三个最严重开头的中可能会的仍要一个是乙酰胺：详细描述了47个独有的质理本土化学之外（示意图3A）。乙酰胺产质是研究者一共的PTM之一，小组细胞可能会内乙酰胺的产质是酵素开头的相较较事例，有着已确定的功能官能冲击。小组细胞可能会内乙酰胺的产质被最时常极为认为是高度集中肝细胞转至以调控遗传质质强调的主要前提。在MS的赞同下，有着里程碑意味的研究者说明最时常的酵素乙酰胺产质，以外肝细胞酵素。在这些闻到之后，基于MS的研究者一直概述数百种酵素被产质。作为乙酰胺开头的另一个事例，小组细胞可能会内底质最中后期在1960六十年代20世纪被判读到。随后的临时工说明，乙酰胺（以外单、二和三甲基乙酰胺）上的小组细胞可能会内和酵素底质是全人类保健和疾小儿中可能会的时序小组细胞可能会内标识。

其他

所作如今对酵素开头的该系统性与20世纪概要的一个非时常大差异是质理本土化学之外的精确性和剖面。所有20种酵素都用评注开头表格示。一些开头非时常罕闻。在该系统性中可能会开头最少的乙酰详细描述的五种开头中可能会，只有一种被称之为3-乙基乙酰的开头与N上端毫无关系。这种奇异的开头在已发表格的采样库该系统中可能会极少闻，并且没在在的免疫学功能官能。这展现了在解读酵素开头与功能官能中间关系总体的停滞过关斩将。尽管MS在测酵素小组中可能会的酵素开头总体更加非时常加比较有用和极端，但所作对这些开头的功能官能负面影响的解读通时常所需一次一个的告诉方法有。

PTM最原先令人满意

大多数取而代之PTM研究者始于计算：闻到侧链的雷同质理本土化学特点赞同了取而代之酵素开头的想要；其他人概述了有着PTM再调配酵素活官能的原先酵素；一些研究者概述了激素质的质理本土化学质子本土化官能，这可能会造成了酵素的盗用开头。例如，近15之前闻到的一类取而代之谷胱甘氨基酸开头，早先称之为S-(2-珍珠酰胺)谷胱甘氨基酸(2SC)，但如今非时常时常称之为酵素珍珠本土化。这种开头通过谷胱甘氨基酸苯基碳原子核和三吡啶循环激素质富马硫中间的迈克尔加成质子本土化愈演愈烈。谷胱甘氨基酸和免疫调控激素质衣康硫中间可能会愈演愈烈在在的质子本土化，衣康硫与富马硫一样，是一种有着α,β-不必用羰基的吡啶。

另一个事例是与直链芳基乙酰胺A相较，特定的羧基芳基乙酰胺A开集有着非时常很高的质子本土化官能。有着四个或五个可用硅主链的带差很高压电荷的二吡啶芳基乙酰胺A经历分子内裂解（即自降解），组合成酸酐和游离乙酰胺A。这类激素质以外珍珠酰胺-CoA、戊二酰胺-CoA和有着雷同在结构上的CoA，例如HMG-CoA驱动细胞可能会内HMG酰胺本土化。

除了质子本土化官能芳基乙酰胺A多样之外，质子本土化官能芳基苯甲酸也开头酵素。1,3-双苯甲酸酸(1,3-BPG)是一种在底质简而言之中可能会转本土化成的质子本土化官能芳基苯甲酸激素质，可与该简而言之中可能会的几种酵素愈演愈烈非酵素可不质子本土化并造成了3-苯甲酸基-乙酰胺(pgK)开头（Moellering和克拉比格，2013年）。从未有的另一项研究者将氨酰胺tRNA制备酵素上的活本土化概述为可以诱导酵素开头的质子本土化官能氨酰胺腺苷酸（He等，2017）。在在的是，这项研究者闻到所有20种细胞可能会内氨酰胺tRNA都不存在最时常的乙酰胺开头。所作得出新推论，活本土化的芳基苯甲酸酯化学键毕竟而无须假酵素氨酰胺本土化。

这种计算方法有引导了几个原先PTM的闻到和解出。具体而言，分析质理本土化学雷同官能有着停滞闻到的巨大潜质。从未有的研究者说明，芳基再调配酵素的杂乱官能可以裂解将几个芳基碳原子核掺入到酵素上。因此，所作时常用芳基乙酰胺A在质理本土化学上与在在的酵素可不和/或非酵素可不独有的酵素开头雷同的基本原理，从全人类激素小组采样库该系统中可能会该系统性了在在的芳基乙酰胺A激素质。所作的该系统性推算了361种芳基乙酰胺A，涵括了234个独有的小分子（示意图4），差异是由于立体对映异构有着有所不同的质理本土化学在结构上但其原子核的维度排列有所不同。这些芳基乙酰胺A多样有着有所不同的质理本土化学特官能，通时常根据这些特官能分为有所不同的类别（示意图4）。通过将全人类激素小组采样库该系统中可能会闻到的所有芳基乙酰胺A多样的低表格层量与在在乙酰胺开头的低表格层量来进行比较，所作闻到至少10%的重叠（361个中可能会的27个；示意图5A），说明来自芳基-CoA多样可以在酵素上找出。

示意图4 在在的芳基乙酰胺A多样

全人类所有在在芳基乙酰胺A激素质的链长和质理本土化学官能表格层。采样叫认真。推算方法有和code闻。

示意图5 计算的酵素开头

A，将来自全人类激素小组采样库该系统的芳基乙酰胺A与在在低表格层量显然的乙酰胺开头来进行比较。B，转发全人类激素小组采样库该系统中可能会在在的活官能芳基苯甲酸酯、硫酯或醛，并绘制附加到酵素的毕竟硅数。采样叫认真。推算方法有和code闻。

将这些该系统性适配到芳基乙酰胺A多样之外，上述全人类激素小组采样库该系统的报告概述了600多种有着很高质子本土化官能的激素质，在此称之为活官能硅多样（RACS；示意图5B）。尽管并非所有这些都与酵素开头有关，但针对这些RACS的研究者就可能会闻到它们包覆在酵素上。事实上，这种计算策略性实际上曾使用将乙酰胺戊二酰胺本土化解剖为毫无疑问的酵素开头。

尽管所需一次一次修订的方法有来解出PTM计算，但从未有的一项研究者闻到这种普遍官能的一个基本上，其目的是时常用多尺度临时工流程来总括原核脊椎动质中可能会的酵素开头，该该系统性首先已确定了酵母菌激素网络中可能会的调控节点，然后暗示了可以通过酵素开头来进行调控的候选质。为了总括开头碱基对细胞可能会的冲击，他们时常用多重终上端本土化遗传质质工程(MAGE)来遗传质质突变个数的，以模拟仅有是由官能开头或并未开头的。这种方法有所需同样的是模拟开头的遗传质质突变不能忠实地再现普通人的开头。然而，他们在汇总挑选出中可能会成功分析了细胞可能会适应官能的连续性不长，并对三种前提慎重考虑的候选酵母菌酵素来进行了后续研究者。本研究者中可能会的技术合作开发转型毕竟借以消除研究者20种的500种线性开头所固有的比较有用官能。

PTM的并未来

尽管它们很比较有用，但酵素PTM在细胞可能会行为和全人类疾小儿中可能会发挥作用的关化学键性性起到，使他们悄悄来进行的研究者成脊椎动质医学自然科学的前提事宜。从1980六十年代开始，MS-酵素小组学研究者的最时常技术的发展产生了了PTM课题的极大兴趣和认识。尽管MS对PTM研究者的开创性难以被夸大，但PTM的时序和不平稳官能表格层一直给自然研究团队随之而来独有的过关斩将。氨基酸示意图启发式的原先令人满意悄悄消除完成PTM课题的艰巨训练任务。这些努力为所作对PTM免疫学的解读之后发生开创了为基础。

基于MS的酵素小组学研究者的为基础上，以外PTM的闻到，与推算来进行的时常用众所周知。在基于MS的酵素小组学开始至少十年后，Sequest被合作开发使用根据参阅酵素采样库该系统终上端辨认酵素。Sequest和之后的Mascot中可能会的终上端一对一氨基酸调配启发式，发挥作用了基于MS的酵素小组学的短时间段适配，并为PTM的解剖给予了一个有吸引力的简而言之。通过将（判读到的-预估的）低表格层量再调配合并到修订后的参阅酵素小组中可能会，可以修订这些启发式以监测有用的在在PTM。尽管如此，很大一之外氨基酸段表格层五音即便如此可疑地并未调配。为了研究者酵素小组的这种“暗质表格层”，迭代被设立为而无须前体硫离子有非时常最时常的耐受官能，被极为认为都有开头的氨基酸，同时即便如此保持倾斜度特异官能的碎裂硫离子低表格层量设立。这种方法有在2015年发挥作用了闻到PTM示意图五音的潜质，早先Sequest抓取维度被适配以告诉±500Da的“全站”前体硫离子五音，这而无须抓取低表格层量开头相同于90%以上的在在氨基酸段PTM（示意图3B）。在酵素小组的这个并未探险区域内，闻到了与当中后期并未闻到的开头氨基酸相对来说应的额外184,000个峰。这些开头以外质理本土化学（隔绝后）和脊椎动质不长，以外罕闻但关化学键性性的脊椎动质开头，例如苯甲酸乙醇胺(GPE)开头的延伸系数1a2。实际上，连续性推算来进行在暗酵素小组中可能会的原先技术的发展偏离了PTM算子的基本方法有。

虽然全站抓取彻底偏离了PTM的闻到和组合成MS采样的算子，但仍有一些身心妨碍了该课题毫无疑问破译PTM的格局。最在在的是“抓取维度”疑虑，这是将在在PTM算子到比较有用酵素固体中可能会的氨基酸的最小身心。虽然实际上相对来说有用的开头，例如天冬氨酸亚基的甲状腺激素，可以通过掺入或不掺入锰芳基的成份天冬氨酸的来进行研究者，但同时算子多个PTM可能会造成了抓取所有低表格层量再调配小组制备的开头氨基酸维度呈股票价格持续增长。这是一个主要身心，因为它增加了抓取增益，非时常很高了辨认开头氨基酸的有误闻到赴援(FDR)，并急剧延长了该系统性个数采样集所需的时间段。

第二个主要身心是闻到实际上并未评注的修订。PTM算子启发式根据参阅采样库该系统（通时常是UniMod）调配开头，该采样库该系统时常用上述“受控比方说格”对要针对每个已辨认氨基酸转发的线性开头低表格层量来进行总编辑。因此，大多数启发式才可能会终上端监测实际上并未评注的开头，例如一些从未有闻到的芳基开头。相反，这些所需用精确低表格层量手动评注和抓取。此外，对单个氨基酸的两种或多种有所不同多样的开头毕竟不能辨认适宜的并未开头氨基酸或有误地显然非时常大的单个开头。

如今悄悄合作开发的推算来进行很难消除上述限制，同时即便如此最小本土化全站抓取维度。例如从未有发表格的称之为TagGraph的方法有。为了消除上述现代启发式的身心，合作开发了有着许多独有特点的TagGraph，将在在的PTM示意图五音适配到全人类酵素小组中可能会近40,000种酵素开头。首先，它时常用de novo开始和基于正则表达式的氨基酸显然相相辅相成的方法有，de novo查找与并未开头酵素遗传质质实际上显然的短氨基酸遗传质质（“子串”），然后抓取剩余的氨基酸以定期检查录入上或附近的潜在开头开集。这种方法有减缓了启发式早先慎重考虑的“氨基酸池”，从而使TagGraph很难在短周期上对30个消本土化道小民间组织中可能会的2500万个酵素表格层五音来进行剖面告诉，这比现代迭代的战斗能力要快得多。它在全人类酵素小组中可能会概述的40,000个PTM开头了至少100万个唯一辨认的氨基酸，氨基酸多达减低了3倍，而从同一全人类酵素小组采样密集可能会辨认的开头氨基酸减低了10倍。

为了过重de novo抓取平台中可能会相较较的增益损失，TagGraph放弃了粗略估计该系统性的能够诱饵FDR模型，而是技术的发展一种称之为贝叶斯一组期望最小该系统性的经过解出的ML方法有，该方法有时常用之外氨基酸的14个特点来已确定。自始因为如此，TagGraph的de novo方法有很难执行非时常最时常的抓取维度，这样认真很难闻到实际上并未辨认的氨基酸开头，并急剧适配调配给倾斜度开头酵素的开头为数。例如，与早先的该系统性相较，五种主要小组细胞可能会内的氨基酸开头减低了2倍，脯氨酰胺乙基本土化减低了10倍。通过一直消除该系统性大量氨基酸表格层五音所面临的推算身心，TagGraph和其他在在来进行为所作对PTM课题的认识后退奋斗了一大步。

PTM研究者的并未来将不仅慎重考虑TagGraph等这些程序赞同酵素小组学，而且还慎重考虑MS设备的哪些总体借以发挥作用这种成功。例如，在抓取低增益表格层五音时，TagGraph的粗略估计该系统性官能能不断下降。这种限制凸显出了设备的补充为基础上对于大幅度的的转型也是合理的。事实上，样品分离出来的为基础上和很高官能能表格层五音仪的合作开发给予了TagGraph准确官能所必需的很高增益光五音，比如说技术合作开发与闻到中间的关化学键性连系。

PTM弊上端

在过去的50年中可能会，PTM酵素小组学课题以令人吃惊的速度转型。组合成、很高增益MS如今很类似，可给予克尔样品分离出来后并未消本土化的酵素固体的光五音。TagGraph和其他氨基酸辨认启发式如今可以有效赴援地评注具有多个PTM的氨基酸而无需探针富含，并且很难从比较有用的酵素固体中可能会该系统性PTM质理本土化学计量单位。因此，PTM课题从未将要迎接下一次跃进，它为中心着两个主要疑虑：PTM示意图五音究竟已被实际上五音写？此外也许非时常关化学键性性的是如何在如此广阔的环境中可能会已确定单个PTM的功能官能？

PTM示意图五音概述到什么持续性？所作指出新当在HEK293细胞可能会中可能会时常用全站式Sequest抓取闻到185,000种开头氨基酸时，第一时间对开头五音中可能会特定PTM的封闭抓取送回了依然两倍的击中可能会数。这说明对暗酵素小组的倾斜度极端抓取就可能会转本土化成至少两倍多的开头氨基酸，同时时常用TagGraph重原先该系统性该光五音和其他光五音可以给予原先资讯。然而，即使现代启发式很难在整个光五音中可能会辨认依然所有的开头氨基酸，所作仍远并未已确定每个开头的个人身份或免疫学意味。例如，在全人类酵素小组中可能会，TagGraph已确定了1700多个直接的低表格层量再调配（击中可能会并不一定为有着≥20个光五音小数），形状区域从-148到+999.4Da，这些都不是在在的修订产生的。尽管这仅占已解剖的总修订五音的一小之外（5.5%），但它比如说实际上认识修订后的全人类酵素小组的质理成份毕竟有多么不便。

在如此广阔的示意图五音中可能会，自然研究团队将如何已确定单个PTM的关化学键性性功能官能？尽管PTM课题毕竟永远才可能会恰当明晰，但该课题已将要在所作对PTM功能官能的解读总体迈出新关化学键性性的一步。自始如前面之外所讨论的，PTM依然冲击细胞可能会功能官能的各个总体，从酵素活官能的短期修订到表格观遗传质质的可遗传质质不长。尽管可以在临时工台上以多种方式也仔细研究者不感兴趣的PTM，但采样自然科学方法有对于试着提名不感兴趣的PTM或开始认识原先概述的PTM的特定免疫学功能官能更加愈发关化学键性性。在对全人类酵素小组的该系统性中可能会，已确定了小民间组织特异官能开头，以外妊娠小民间组织中可能会的小组细胞可能会内H4 R56硝基本土化。这一闻到说明H4 R56在合作开发中可能会有着独有的功能官能。在另一个事例中可能会，同一研究者基于GO类别中可能会都有的酵素的开头，将PTM轻金属元素与遗传质质基本概念(GO)脊椎动质流程和细胞可能会区簇除此以外。这种方法有证实了中文翻译后乙酰底质在限于RNA编导的酵素上富含，并且乙酰胺开头在染色体小民间组织的GO类别中可能会都有的酵素上很独有。

采样自然科学和数据挖掘在PTM该系统性中可能会的技术的发展愈发最时常，以外从中后期级酵素遗传质质和非时常比较有用的酵素特点计算功能官能官能PTM。例如，中后期级遗传质质PTM采样与称之为SAPH-ireNN的ML神经网络中可能会的三维(3D)酵素在结构上资讯相相辅相成，以计算功能官能官能酵素PTM的聚类和相互间起到。由于PTM发挥作用了如此最时常的冲击，ML启发式也可使用闻到酵素小组学、激素小组学、表格观遗传质质学和酪氨酸小组学采样密集可能会的模式，这些采样集是在随心所欲候选PTM后聚合的。这种方法有已被使用时常用多小组学采样破译某些小分子抑有效成分的起到模式。基于ML的采样录入方法有可以给予有关悄悄研究者的PTM的功能官能冲击的有价值的资讯，并可以突出新特定修订南岸的模块。例如，将激素质采样作为ML训练集毕竟可以大幅度闻到激素质独有的PTM，例如芳基乙酰胺A种群，这是一种愈发被采纳的PTM来源，可调控最时常的激素和酪氨酸流程。

上面讨论的因素所都密集可能会在为基础上所作对单个时间段点的PTM示意图五音的研究者，并在许多短剧中可能会平仅有。再度，所需对酵素PTM来进行时序的时空研究者，以应有认识它们在神经科学和疾小儿总体的比较有用起到。在细胞可能会中间或细胞可能会内解出可以决定短周期上细胞可能会行为的PTM似乎是不必显然的并未来。然而，从未有的研究者通过借助每个子学科随之而来的互补军事优势夺得了令人振奋的的转型。具体而言，当前的MS成像模式很难解构小民间组织内的维度激素质分布区，单细胞可能会酵素小组学从未有已成普通人，并且随着时间段的不长，谷胱甘氨基酸氟本土化的时间段增益从未在体外和体液发挥作用。毕竟这个并未来极为很久以前。

推论

早先苯甲酸天冬氨酸是在对酵素受精卵细胞可能会内质理成份的探险中可能会闻到的，同时出新现了并未发挥作用的酵素开头世界。所作对中后期级开头的示意图五音解读从未转型到直到如今在在的500多种开头（示意图2）。尽管在取而代之酵素开头示意图五音总体夺得了令人满意，但PTMs的精确性和剖面还所需很长时间段才能完善。所作对每种开头的功能官能负面影响的解读相当有限，对修订究竟借以生理简而言之反馈、究竟为小儿理生理或两者辅以的解读也相当有限。MS的技术合作开发的转型造成了原先PTM的短时间段闻到。采样自然科学和数据挖掘的最原先令人满意显然所作悄悄为PTM闻到的第二个拐点铺平路段（示意图2）。如今，对酵素开头的抓取从未从质理本土化学朝向推算，从绿豆酵素的仅有是由朝向推算机维度中可能会氨基酸低表格层量的仅有是由。对这一原先兴免疫学课题的停滞研究者毕竟可能会说道这个13世纪的疑虑：“它是PTM吗”？

20世纪注解：

Keenan EK, Zachman DK, Hirschey MD.Discovering the landscape of protein modifications.Mol Cell. 2021 May 6;81(9):1868-1878